Resulta difícil concretar los orígenes históricos de Puerto serrano, aunque las hipótesis suelen coincidir en el reconocimiento de un pasado romano, cuando el lugar acogió una villa o poblado con el nombre de Marciago.

Los árabes trajeron a este rincón de Cádiz la tradición de sus molinos de aceite y nuevas modalidades y métodos de cultivos.
También aportaron una filosofía de vida diferente a todo lo anterior, aunque inspirada en lo clásico. Y cómo no, dejaron su recuerdo materializado en grandes obras.

Por aquel entonces el pueblo se llamaba Gailir y pertenecía la Kora o provincia de Morón, de las 21 en que estaba repartida Al-Andalus.
Los templarios construyeron una ermita de grandes dimensiones llamada de la Gloria, aunque tenían por costumbre celebrar sus misas al aire libre.

Los tesoros artísticos que alberga fueron recogidos por los hombres de Gailir cuando cayeron los caballeros; la ermita quedó vacía y, con el tiempo, pasó a convertirse en ruinas.

La fundación de Puerto serrano aconteció en 1615, cuando algunos labradores de Morón obtuvieron permiso municipal para erigir un pueblo aparte.

Alcanzó el título de villa en 1805, y la independencia un año después aunque vinculada a Morón.
La emancipación definitiva, ya como parte de la provincia de Cádiz, se fecha en 1835.