Tras la conquista musulmana la población pasaría a llamarse "Qalat at Yazula", o "Castillo de los Gazules", al ser entregada por el rey de Granada a la familia o tribu del mismo nombre. Durante los períodos emiral y califal estuvo incluida en la cora de Algeciras, de ésta época aún se conservan los restos del Castillo.
En 1264 la ciudad es reconquistada por la huestes cristianas de Alfonso X el Sabio, quien en su "Crónica" es el primero que le da el nombre de "Alcalá de los Gazules", años más tarde pasaría a depender del Señorío de los Ribera, Duques de Alcalá, quienes ejercieron el patronato secular construyendo iglesias y conventos como la Parroquia de San Jorge, Santo Domingo, San Francisco (La Victoria), Las Clarisas...
La época contemporánea se abre para Alcalá con la presencia de los franceses, quienes a su marcha volaron el hasta entonces intacto Castillo. En Junio de 1876, Alfonso XII le concede el título de Ciudad en consideración a su progreso en población, comercio e industria.
En 1985 se declaró el vericueto de calles de su casco antiguo "Conjunto Histórico-Artístico", tanto por atesorar un importante conjunto de extraordinarios ejemplos de edificios barrocos, neoclásicos, eclécticos y de arquitectura popular como porque ha sabido conservar su estampa y fisonomía andaluza.